【京仓速发 明日达】RNA-seq 数据分析实用方法97870305**863

《RNA-seq*nbsp;数据分析实用方法》全面介绍了RNA-seq数据分析的基本原理和方法，内容涵盖数据分析的整个工作流程，包括质量控制、作图、组装、统计检验和代谢途径分析等。《RNA-seq*nbsp;数据分析实用方法》在进行理论讲解的同时，还使用了较多实例，不仅生物信息学家，甚至没有相关分析经验的研究人员也均可参照这些实例进行分析。

• 目录
• **章*nbsp;RNA-seq简介*nbsp;1
• 1.1*nbsp;引言*nbsp;1
• 1.2*nbsp;RNA的分离*nbsp;3
• 1.3*nbsp;RNA的质量控制*nbsp;3
• 1.4*nbsp;文库制备*nbsp;4
• 1.5*nbsp;主要的RNA-seq平台*nbsp;7
• 1.5.1*nbsp;Illumina*nbsp;7
• 1.5.2*nbsp;SOLID*nbsp;8
• 1.5.3*nbsp;Roche*nbsp;454*nbsp;8
• 1.5.4*nbsp;Ion*nbsp;Torrent*nbsp;9
• 1.5.5*nbsp;Pacific*nbsp;Biosciences*nbsp;9
• 1.5.6*nbsp;纳米孔技术*nbsp;10
• 1.6*nbsp;RNA-seq的应用*nbsp;11
• 1.6.1*nbsp;蛋白质编码基因结构*nbsp;11
• 1.6.2*nbsp;新型蛋白质编码基因*nbsp;12
• 1.6.3*nbsp;基因表达的量化和比较*nbsp;13
• 1.*.**nbsp;表达数量性状基因座*nbsp;14
• 1.6.5*nbsp;单细胞RNA-seq*nbsp;14
• 1.6.6*nbsp;融合基因*nbsp;15
• 1.6.7*nbsp;基因变异*nbsp;15
• 1.6.8*nbsp;长的非编码RNA*nbsp;16
• 1.6.9*nbsp;非编码小RNA*nbsp;16
• 1.6.10*nbsp;扩增产物测序（ampli-seq）*nbsp;16
• 1.7*nbsp;选择RNA-seq平台*nbsp;17
• 1.7.1*nbsp;选择RNA-seq平台和测序模式的8个原则*nbsp;17
• 1.7.2*nbsp;小结*nbsp;20
• 参考文献*nbsp;20
• 第2章*nbsp;RNA-seq数据分析导论*nbsp;23
• 2.1*nbsp;引言*nbsp;23
• 2.2*nbsp;差异表达分析工作流程*nbsp;25
• 2.2.1*nbsp;**步：读段的质量控制*nbsp;26
• 2.2.2*nbsp;第二步：读段的预处理*nbsp;26
• 2.2.3*nbsp;第三步：将读段比对到参考基因组*nbsp;26
• 2.2.4*nbsp;第四步：基因组引导的转录组组装*nbsp;27
• 2.2.5*nbsp;第五步：计算表达水平*nbsp;27
• 2.2.6*nbsp;第六步：比较不同条件之间的基因表达*nbsp;27
• 2.2.7*nbsp;第七步：在基因组的上下文中的数据可视化*nbsp;27
• 2.3*nbsp;下游分析*nbsp;28
• 2.3.1*nbsp;基因注释*nbsp;28
• 2.3.2*nbsp;基因集的富集分析*nbsp;29
• 2.4*nbsp;自动的工作流程和管线*nbsp;29
• 2.5*nbsp;硬件要求*nbsp;30
• 2.6*nbsp;仿效书中的示例*nbsp;30
• 2.6.1*nbsp;使用命令行工具和R*nbsp;31
• 2.6.2*nbsp;使用Chipster软件*nbsp;31
• 2.6.3*nbsp;示例数据集*nbsp;32
• 2.7*nbsp;小结*nbsp;33
• 参考文献*nbsp;34
• 第3章*nbsp;质量控制和预处理*nbsp;35
• 3.1*nbsp;引言*nbsp;35
• 3.2*nbsp;质量控制和预处理的软件*nbsp;35
• 3.2.1*nbsp;FastQC*nbsp;35
• 3.2.2*nbsp;PRINSEQ*nbsp;36
• 3.2.3*nbsp;Trimmomatic*nbsp;37
• 3.3*nbsp;读段质量问题*nbsp;37
• 3.3.1*nbsp;碱基质量*nbsp;37
• 3.3.2*nbsp;模糊的碱基*nbsp;44
• 3.3.3*nbsp;接头*nbsp;46
• 3.3.4*nbsp;读段长度*nbsp;47
• 3.3.5*nbsp;序列特异性偏差和由随机联体引物造成的不匹配*nbsp;47
• 3.3.6*nbsp;GC含量*nbsp;48
• 3.3.7*nbsp;重复*nbsp;48
• 3.3.8*nbsp;序列污染*nbsp;50
• 3.3.9*nbsp;低复杂度序列和polyA尾巴*nbsp;50
• 3.4*nbsp;小结*nbsp;51
• 参考文献*nbsp;52
• 第4章*nbsp;将读段比对到参考基因组*nbsp;54
• 4.1*nbsp;引言*nbsp;54
• 4.2*nbsp;比对程序*nbsp;54
• 4.2.1*nbsp;Bowtie*nbsp;55
• 4.2.2*nbsp;TopHat*nbsp;58
• 4.2.3*nbsp;STAR*nbsp;62
• 4.3*nbsp;比对统计量和用于操作比对文件的程序*nbsp;65
• 4.4*nbsp;在基因组的上下文中可视化读段*nbsp;68
• 4.5*nbsp;小结*nbsp;69
• 参考文献*nbsp;70
• 第5章*nbsp;转录组组装*nbsp;71
• 5.1*nbsp;引言*nbsp;71
• 5.2*nbsp;方法*nbsp;72
• 5.2.1*nbsp;转录组组装不同于基因组组装*nbsp;72
• 5.2.2*nbsp;转录本重建的复杂性*nbsp;73
• 5.2.3*nbsp;组装过程*nbsp;73
• 5.2.4*nbsp;de*nbsp;Bruijn图*nbsp;75
• 5.2.5*nbsp;使用丰度信息*nbsp;75
• 5.3*nbsp;数据预处理*nbsp;76
• 5.3.1*nbsp;读段误差校正*nbsp;77
• 5.3.2*nbsp;SEECER*nbsp;77
• 5.4*nbsp;基于作图的组装*nbsp;78
• 5.4.1*nbsp;Cufflinks*nbsp;79
• 5.4.2*nbsp;Scripture*nbsp;80
• 5.5*nbsp;de*nbsp;novo组装*nbsp;81
• 5.5.1*nbsp;Velvet+Oases*nbsp;81
• 5.5.2*nbsp;Trinity*nbsp;83
• 5.6*nbsp;小结*nbsp;87
• 参考文献*nbsp;88
• 第6章*nbsp;定量和基于注释的质量控制*nbsp;90
• 6.1*nbsp;引言*nbsp;90
• 6.2*nbsp;基于注释的质量度量*nbsp;90
• 6.2.1*nbsp;基于注释的质量控制工具*nbsp;91
• 6.3*nbsp;基因表达的定量研究*nbsp;95
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